故事發生在圣斗士星矢等人與北歐神斗士的戰斗之后。
星矢他們得知希路達的所作所為都是因波塞冬的“復仇戒指”所支配。圣斗士與神斗士的戰斗終于畫上了句號。但此時，紗織卻被突如其來的海浪卷入巨大的漩渦，消失在星矢的眼前。
海皇波塞冬劫走了作為雅典娜化身的紗織，并在世界各地降下暴雨，引發了大規模的洪水與海嘯，企圖將人類抹殺，建立一個全是海洋的新世界。紗織醒來后，驚奇地發現原來眼前的波塞冬正是海商王的獨生子、船王梭羅家族的繼承人——朱利安?梭羅。紗織在參加朱利安16歲生日宴會時與他見過一面。朱利安非常有才能，年僅十六歲就可以繼承去世父親的事業。同時，他也是海皇波塞冬的肉體。邀請雅典娜共同統治世界，被雅典娜拒絕。
雅典娜決定代替人類與大地承受暴雨的痛苦，于是在波塞冬的帶領下進入了海底神殿八根擎海柱之一——生命之柱中，自愿成為“活人祭品”。
目光轉向圣斗士們。星矢斷定一定是波塞冬劫走了雅典娜，決定潛入海底神殿，救出雅典娜。從仙宮的記載中，星矢找到了海底神殿亞特蘭蒂斯的位置，四小強先后來到海底。在海底神殿，海水就像天空一樣懸在上方。
星矢、紫龍、冰河、瞬，以及后來趕到的一輝、莎爾娜及貴鬼，雅典娜的圣斗士們與波塞冬手下的海斗士、海將軍展開了激戰。憑著頑強的斗志的不滅的小宇宙，以及對雅典娜的絕對忠誠，他們擊敗了一拳就能將敵人擊出海面的海馬拜安，攻擊十分恐怖的六圣獸伊奧，手持鋒利黃金槍的海皇子克修拉，冰河的師兄、救過冰河一命的魔鬼魚艾爾扎克，可以變化成人心中最重要的人的樣子的“心之獵人”海怪卡薩等人。
最終，圣斗士終于來到了海皇神殿波塞冬的面前。但面對實力可怕的海皇波塞冬，星矢等人的圣衣紛紛解體。此時，留守圣域的黃金圣斗士們發現，早已犧牲的射手座黃金圣斗士艾俄羅斯，用自己強大的小宇宙，將射手座黃金圣衣送去支援星矢。可即使是射手座的黃金箭，也無法對波塞冬造成傷害，一次又一次反彈回來的黃金箭使星矢、紫龍等人紛紛受傷……
究竟少年們能否再次喚起奇跡，打敗波塞冬，救出雅典娜呢?
而此時，北大西洋海將軍海龍的身份被一輝揭開，他隱藏在背后的巨大陰謀也漸漸浮出水面……
